Estos ocho equipos quedarán emparejados con los que quedaron en el primer lugar de la fase de grupos en el sorteo del viernes y que partirán como cabezas de serie: AZ Alkmaar (NED), Djurgården (SWE), İstanbul Başakşehir (TUR), Niza (FRA), Sivasspor (TUR), Slovan Bratislava (SVK), Villarreal (ESP) y West Ham (ENG).
Ningún equipo puede enfrentarse a otro equipo de la misma federación nacional.
Las eliminatorias se juegan a dos partidos, con los cabezas de serie en casa en los partidos de vuelta
Los partidos de ida están programados para el 9 de marzo y los partidos de vuelta una semana después, el 16 de marzo.
La final de la Liga Conferencia tendrá lugar en el Eden Arena de Praga el 7 de junio.